福沢研究センターは以下を目的に設置されています。
１．福沢諭吉の思想・業績に関する研究
慶應義塾の創立者であるとともに、近代日本を代表する思想家である福沢の思想や事績を、近代史の中に位置づけていくための研究を行うとともに、内外の福沢研究者の拠点として活動しています。
２．慶應義塾の歴史、福沢門下生や義塾関係者の活動・事績に関する調査・研究
日本近代史上の慶應義塾及びその出身者・関係者について、調査研究を行なっています。
３．福沢諭吉・慶應義塾関係資料の収集・整理・保管・展示
福沢諭吉、慶應義塾、義塾出身者・関係者に関する資料を収集・整理し、適切に保管して後世に伝えていく役割を担っています。また、一層の調査研究のために公開や展示も行なっています。
4．福沢諭吉・慶應義塾に関する研究成果をふまえた教育
福沢諭吉及び慶應義塾の調査研究を通し、近代日本を検証した成果を、設置講座や講演会などの活動を通じて社会に還元しています。
